La Orden fue suprimida en 1312 por orden del Papa. Concilio de Tarragona y Sentencia En el año 1308 era por entonces Maestre Provincial y Lugar Teniente en la Corona de Aragón Fray Bartolomé Belbis, quien le solicitó al arzobispo Tello de Tarragona la celebración de un concilio, a lo que accedió el arzobispo el 10 de agosto de 1312. En la capilla del “Corpus Christi”, en el claustro de la Catedral de Tarragona, se reunió el Concilio. Y finalmente el día 4 de noviembre de 1312 Aranaldo Gascón, Canónigo de Barcelona, leyó públicamente el fallo del Concilio en el que se reconocía plenamente la inocencia e inculpabilidad de los Templarios, les absolvía de toda censura y les devolvía todo el honor como católicos y leales caballeros. Por Zaragoza asistió el obispo Eximio de Luna. El concilio tarraconense proclamaba pues la inocencia de los Templarios ocho meses más tarde, después de que la Orden estuviera ya abolida por el concilio de Vienne, celebrado en la catedral de San Mauricio. A pesar de la sentencia favorable se les obligó a dispersarse por los diferentes obispados donde tuviesen bienes. El rey les llegó a prohibir que se trasladaran de un lugar a otro. Y así continuaron hasta que, en 1331, Juan XXII les permitió ingresar en otras Órdenes. Tras la disolución de la Orden del Temple, la Iglesia del Temple en Zaragoza pasa a ser propiedad de la Orden de San Juan de Jerusalén (sanjuanistas), que acomete una reforma importante de la mismo. Existe un documento fechado en 1350 en el que se asegura que la iglesia estaba gravemente deteriorada. Por aquella época (1387) están documentados trabajos por parte del alarife Juce de Gali, que deben corresponder a un importante recrecimiento en altura, que también ha podido reconocerse en los restos estructurales encontrados en la calle de Santa Isabel, donde cambia el aparejo con cal al característico ladrillo mudéjar. A partir de 1387, año en que concluyen las reformas y rehabilitación, la iglesia lleva una vida marginal. Los sanjuanistas, propietarios también del Palacio de San Juan de los Panetes, dejaron el templo en un segundo plano. Como detalle anecdótico cabe destacar que durante el siglo XVI tuvo allí su capilla el gremio de los pergamineros de Zaragoza, siendo éstos los que trabajaban en pergaminos o los vendían. Conocemos igualmente que hacia 1680 Pedro Ricarte “el Mayor”, maestro de obras y maestro albañil, realiza obras documentadas tanto en esta pequeña iglesia como en el Palacio de San Juan de los Panetes, ambos ligados, como ya se ha dicho, a la orden militar de San Juan de Jerusalén. En el siglo XIX la desamortización de Mendizábal deja sin culto a la iglesia, que es utilizada posteriormente y hasta su derribo (1861-1864) como almacén.